피인수법인의 지배주주 해당 여부

피인수법인이 계열편입 유예 통지를 받은 경우 피인수법인의 대표이사와 인수법인은 특수관계에 해당하지 않으므로 피인수법인의 대표이사는 피인수법인의 지배주주에 해당하지 않음

○㈜*(‘질의법인’, ‘인수법인’)은 각 기업들에 복지 플랫폼 서비스를 제공하는 등 기업복지사업과 관련된 소프트웨어의 자문･개발 및 공급업, 전자상거래업 등을 영위하는 회사임

-질의법인은 2021.3월경 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣상의 상호출자제한기업집단인 * 그룹의 계열사로 편입되었고, 현재까지도 위 그룹의 계열사 지위를 유지하고 있음

○질의법인은 2022.11월경 기술혁신형 중소기업인 (‘피인수법인’)의 대표이사(‘’)를 비롯한 주주 총 인으로부터 피인수법인 지분 총 %를 매입함(‘본건 인수’)

-본건 인수 후에도 피인수법인의 창립자 겸 대표이사인 ***는 피인수법인의 주식 9%를 보유하면서 해당 직위를 그대로 유지함

-한편, 피인수법인은 공정거래위원회에 계열편입 유예신청을 통해 ’22.11월부터 7년간 ‘* 그룹의 소속회사에서 제외된다’는 취지의 계열편입 유예통지를 받음.

2. 질의요지

○기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(조특법§12의4) 규정을 적용함에 있어 기업집단에 소속된 내국법인(‘질의법인’)이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주 겸 대표이사 등으로부터 주식을 인수한 경우로서

-대표이사가 보유주식을 일부 양도한 후에도 계속 해당 직책에 재직하면서 피인수법인의 주식을 소유하고 있는 경우

• 피인수법인이 공정거래위원회로부터 “계열편입 유예통지”를 받았다면 동 대표이사가 ｢조세특례제한법｣ 제12조의4 제1항 제4호에 따른 “피인수법인의 지배주주등”에서 제외되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제12조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1.인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

• 가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

• 나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

⑥ 법 제12조의4제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자" 및 같은 조 제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등"이란 각각 피인수법인의 법인세법 시행령 제43조제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다. <개정 2018.2.13, 2023.2.28>

1. 법인세법 시행령 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족

2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦ 법 제12조의4제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 법인세법 시행령 제43조제3항 및 제7항을 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

(중략)

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다

⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. <신설 2008.2.22, 2009.2.4, 2012.2.2, 2019.2.12, 2023.2.28>

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

• 가. 친족(국세기본법 시행령 제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

• 나. 제2조제8항제1호의 관계에 있는 법인

• 다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

• 라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

• 마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조제8항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

○ 법인세법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12."특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제2조【정의】

⑧ 법 제2조제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. <신설 2019.2.12, 2023.2.28>

1. 임원(제40조제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

• 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

• 나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 해당 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

(중략)

11."기업집단"이란 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.

• 가. 동일인이 회사인 경우: 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나 이상의 회사의 집단

• 나. 동일인이 회사가 아닌 경우: 그 동일인이 지배하는 둘 이상의 회사의 집단

12. "계열회사"란 둘 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 각각의 회사를 서로 상대방의 계열회사라 한다.

(이하생략)

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제4조 【기업집단의 범위】

① 법 제2조제11호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다. <개정 2022.12.27>

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(상법 제344조의3제1항에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조, 제5조, 제33조제2항 및 제34조제2항에서 같다)총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제5조【기업집단으로부터의 제외】

② 공정거래위원회는 제4조제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사에 대해서는 이해관계자의 요청에 따라 동일인이 지배하는 기업집단의 범위에서 제외할 수 있다. 다만, 제3호 또는 제5호의 회사에 대해 법 제47조를 적용하는 경우와 제5호의 회사 중 벤처지주회사가 주식을 소유한 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업에 대해 제3조제3항을 적용하는 경우에는 기업집단의 범위에 속하는 것으로 본다. <개정 2022.12.27>

1. 다음 각 목의 자가 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 설립된 민간투자사업법인(이하 이 항에서 "민간투자사업법인"이라 한다)의 발행주식총수의 100분의 20 이상을 소유하고 있는 경우 그 민간투자사업법인. 이 경우 해당 민간투자사업법인은 다른 회사와의 상호출자와 출자자 외의 자로부터의 채무보증이 모두 없어야 한다.

• 가. 국가 또는 지방자치단체

• 나. 공공기관의 운영에 관한 법률 제5조에 따른 공기업

• 다. 특별법에 따라 설립된 공사ㆍ공단 또는 그 밖의 법인

(중략)

5. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 회사(해당 회사가 그 사업내용을 지배하는 회사를 포함한다)

• 가. 해당 회사가 제4조제1항의 요건에 해당하게 된 날의 전날을 기준으로 다음의 어느 하나에 해당하는 회사일 것

1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업 중 공정거래위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 산정한 연간 매출액에 대한 연간 연구개발비의 비율이 100분의 3 이상인 중소기업

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업

나.동일인 또는 동일인관련자가 해당 회사의 사업내용을 지배하는 자와 합의하여 그 회사의 주식을 취득 또는 소유하여 제4조제1항의 요건에 해당하게 된 날부터 7년[해당 회사가 벤처지주회사의 자회사인 경우나 일반지주회사의 자회사인 벤처투자 촉진에 관한 법률에 따른 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융전문회사가 투자한 회사(투자조합의 업무집행을 통한 투자를 포함한다)인 경우에는 10년] 이내일 것

• 다. 해당 회사(해당 회사가 그 사업내용을 지배하는 회사를 포함한다. 이하 라목 및 마목에서 같다)가 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우 동일인을 포함한다)에 출자하고 있지 않을 것

• 라. 해당 회사와 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우 동일인을 포함한다) 간에 채무보증 관계가 없을 것

• 마. 나목에 따른 요건해당일 이후 해당 회사와 동일인(그 친족을 포함한다) 간 또는 해당 회사와 동일인이 지배하는 회사 간에 법 제45조제1항제9호, 같은 조 제2항 또는 제47조를 위반하여 해당 회사, 동일인(그 친족을 포함한다) 또는 동일인이 지배하는 회사가 공정거래위원회로부터 시정조치(시정권고 또는 경고를 포함한다)를 받거나 과징금을 부과받은 사실이 없을 것

(이하생략)

○독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제47조【특수관계인에 대한 부당한 이익제공 등 금지】

① 공시대상기업집단(동일인이 자연인인 기업집단으로 한정한다)에 속하는 국내 회사는 특수관계인(동일인 및 그 친족으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다), 동일인이 단독으로 또는 다른 특수관계인과 합하여 발행주식총수의 100분의 20 이상의 주식을 소유한 국내 계열회사 또는 그 계열회사가 단독으로 발행주식총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유한 국내 계열회사와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 통하여 특수관계인에게 부당한 이익을 귀속시키는 행위를 하여서는 아니 된다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는 행위의 유형 및 기준은 대통령령으로 정한다.

1. 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 조건보다 상당히 유리한 조건으로 거래하는 행위

2. 회사가 직접 또는 자신이 지배하고 있는 회사를 통하여 수행할 경우 회사에 상당한 이익이 될 사업기회를 제공하는 행위

3. 특수관계인과 현금이나 그 밖의 금융상품을 상당히 유리한 조건으로 거래하는 행위

4. 사업능력, 재무상태, 신용도, 기술력, 품질, 가격 또는 거래조건 등에 대한 합리적인 고려나 다른 사업자와의 비교 없이 상당한 규모로 거래하는 행위

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제14조【특수관계인의 범위】

① 법 제9조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 특수한 관계에 있는 자"란 회사 또는 회사 외의 자와 다음 각 호의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다.

1. 해당 회사를 사실상 지배하고 있는 자

2. 동일인관련자(제6조제1항 또는 제2항에 따라 동일인관련자에서 제외된 자는 제외한다)

3. 경영을 지배하려는 공동의 목적을 가지고 법 제9조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 기업결합(이하 "기업결합"이라 한다)에 참여하는 자